Se veía claramente que el progresivo aumento de las vocaciones y la perspectiva de su ascenso hacían pensar en una solución definitiva, la de tener un Seminario Mayor propio. Es así como se estudian varias propuestas hasta llegar a la adoptada.
La solución consistió en comprar a la comunidad de los padres Eudistas las edificaciones que ellos tenían en Tocancipá y que habían sido su Seminario Menor; y trasladar allí el Menor de la diócesis y el edificio de Zipaquirá acomodarlo para que comenzara a funcionar el Seminario Mayor.
La compra se hizo en Junio de 1980 y se comenzaron las reparaciones ya que la casa estaba un poco deteriorada. Años atrás esta casa la habían tenido en arriendo una Asociación Española llamada "BEMPOSTA" en beneficio de muchachos desamparados.
Las obras de Remodelación del edificio de Zipaquirá iniciaron en el mes de diciembre bajo la orientación de Monseñor Rubén y del Padre Bernardo Acosta. El progreso en estos trabajos materiales permitieron para el mes de febrero tener en condiciones de ser habitado el tercer piso. A la par que a los aspectos materiales se pensó en el aspecto formativo; y después de varias conversaciones se entregó la dirección del Seminario Mayor a los padres Sulpicianos con la ayuda de padres diocesanos. Gracias a este gran esfuerzo se pudo inaugurar en el mes de febrero de 1981 el Seminario Mayor diocesano. Los alumnos entraron el 8 y el 19 se realizó solemnemente la inauguración con la presencia del Señor Nuncio, Mons. Angelo Acerbi y la participación de los Señores Obispos de las diócesis de Facatativá y Girardot, el Señor Rector del Seminario Mayor de Bogotá y nuestro Obispo.
Los fundadores fueron 19 alumnos de Zipaquirá, 7 de Facatativá, 3 de Girardot, todos ellos internos. De este grupo, 19 recibieron años más tarde el Presbiterado.
Como externos se matricularon también para primero de filosofía 4 religiosos Terciarios Capuchinos, cuya residencia estaba en Cajicá.
Desde un principio el Seminario Mayor contó con la valiosa colaboración de las Hermanas Auxiliares Sacerdotales del Santísimo Sacramento, para la buena marcha de la casa.